術 忍 تقریباً در قرن ششم میلادی مذهب بودیسم وارد ژاپن شد و بین کسانی که می‌خواستند بودیسم را به‌صورت یک مذهب رسمی درآورند و کسانی که از شینتوئیسم به‌عنوان مذهب ملی طرفداری می‌کردند، منجر به درگیری شد.
بر طبق شواهد موجود، پیشینیان نینجاهای ژاپنی از طرفداران بودیسم بودند و به همین دلیل یاغی نام گرفتند. آن‌ها در اوایل قرن هفتم برای فرار از شکنجه مذهبیون و کشته شدن توسط نیروهای سلطنتی به کوهستان‌های نزدیک کیوتو رفتند و بعدها یامابوشی یا زاهدان کوهستان نام گرفتند. آن‌ها فلسفه عارفانه خود را بر پایه واقع‌بینی عملی پایه‌گذاری کردند و برای حمایت از خود، دانش و تمرین هنرهای رزمی و استراتژی نظامی را با ترس روانی و قدرت‌‌های اسرارآمیز ترکیب کردند تا بتوانند با نیروهای نظامی کم خود، در دل دشمنان ترس ایجاد کنند.
یکی از رهبران یامابوشی‌ها تلاش کرد که بین پیروان بودیسم و طرفداران شینتوئیسم صلح ایجاد نماید که نتیجه آن سرازیر شدن جنگجویان دولتی برای سرکوبی یاموبوشی‌ها شد. البته این عمل نیروهای دولتی باعث شد تا یامابوشی‌ها یا نینجاها به تکمیل فنون رزمی و جنگی خود که به‌وسیله آن در برابر دشمنان مقاومت می‌کردند بپردازند. در سال ۱۱۹۲ با شروع دوران فئودال ژاپن، تعدادی از طوایف فامیلی نینجاها منشعب شدند و به چریک‌های حرفه‌ای و نیروهای سری تبدیل شدند که به استخدام اربابان ایـالات مختلف (دایمیوها) درمی‌آمدند.
خانواده‌های نینجا
در بین سالهای ۱۱۹۲ و ۱۳۳۳ بعد از میلاد تعداد مکتب‌های نینجا به ۲۵ مکتب با تکنیک‌های خاص خود رسید. در اکثر این سالها دو ایالت کوگا و ایگا در ژاپن توسط نینجاها اداره می‌شد. خانواده‌های هاتوری، موموچی، و فوجی بایاشی از معروف‌ترین خانواده‌های نینجا بودند.
ریشه نین جوتسو
از تحقیقات به‌دست آمده عقیده بر این است که هنر رزمی نین جوتسو ریشه در قلب تاریخ کهن چین و ژاپن دارد. عقاید و نظرات فراوانی از شروع و گسترده شدن این هنر رزمی در جهان وجود دارد. این عقیده که نین جوتسو همراه با آیین بودا به ژاپن وارد شده، قوی‌تر و محکم‌تر است. در سالهای گذشته در چین و ژاپن به مهارت‌های یک نینجا اهمیت فراوانی داده می‌شد. آن‌ها یک نینجا را انسانی فوق‌العاده می‌دانستند و به شدت از او می‌ترسیدند. گفته می‌شود سرچشمه‌ی نین جوتسو قبل از ورود به کشور ژاپن، به نام فاشو(هنر سیاه چینی) بوده و بعد از اینکه به کشور ژاپن وارد شد، توسط ژاپنی‌ها اصلاح و به تدریج توسعه و ترویج یافت و به هنر رزمی زیبا، سریع، مخوف و پیچیده مبدل شد.
در کشور چین معمولاً نین جوتسو را با نام یین سین شو (تکنینک‌های ناپدید شدن جسم) می‌شناسند.
اولین سند نوشته شده‌ای که در آن از نین جوتسو نام برده شده است، کتابی سیزده جلدی مربوط به استراتژی‌های نظامی (علوم لشکرکشی) با نام هنر رزم که توسط سان تزو نوشته شده است. استفاده از نین جوتسو به‌عنوان یک تاکتیک نظامی در آخرین جلد این کتاب و در بخشی به نام یوما شرح داده شده است. هنر رزمی نین جوتسو با قدمت ۸۰۰ ساله ریشه در تاریخ دارد و در حقیقت هنری است که مسئولیت‌پذیری می‌طلبد.
اصول اولیه یک هنرجوی نین جوتسو
یک هنرجوی نین جوتسو برای پیروز شدن نیازمند اصول اولیه‌ای است که عبارتند از برخورداری از روحی قوی، قلبی آزاد، هوشی سرشار، روحیه مبارزه طلبی، شرایط روحی عالی و تمرکز حواس.
سیستم نینجاها
نینجاها یک سیستم و نظم خاص و دقیقی داشتند که توسط یک رهبر که به آن جونین می‌گفتند اداره می‌شد و به کسانی که به نینجاها ماموریت می‌دادند چونین می‌گفتند. طبقات پایین‌تر که ماموریت انجام می‌دادند جینین نام داشتند. جینین‌ها در واقع هیچگاه دستورات را به‌طور مستقیم از جونین دریافت نمی‌کردند، بلکه چونین‌ها به‌عنوان واسطه بین جونین و جینین‌ها عمل می‌کردند و دستورات و پیام‌های جونین را به جینین‌ها می‌رساندند. جینین‌ها برای انجام ماموریت با طرز استفاده‌ی اغلب سلاح‌های زمان خود آشنایی کامل داشتند و روانشناسی جامعه را به‌خوبی می‌دانستند و با همدیگر از طریق رمز ارتباط برقرار می‌کردند. اگر احیاناً یک نینجا به دام می‌افتاد و اسیر می شد (که بسیار کم رخ می‌داد) مردم او را زجر فراوان می‌دادند تا بتوانند اسرار آن‌ها را به‌دست آورند.
بعضی از خانواده‌های نینجا به دلیل جنگ داخلی دایموها به قدرت و نفوذ رسیدند و اغلب در مناطق ایگا و کوگا در شرق دریاچه بیواء اقامت گزیدند. ادانبون اگا که می‌خواست تمامی نیروهای نظامی ژاپن را متحد نماید، در سال ۱۳۸۱ میلادی ارتشی متشکل از ۴۱ هزار نفر را به جنگ نینجاها که تنها ۴ هزار نفر بودند، فرستاد.
در این نبرد نابرابر اغلب نینجاها کشته و یا اسیر شدند و آن تعداد که توانستند، به کوه‌ها فرار کرده و با مردم کوهستان به تکمیل فنون مخصوص خود و هر چه کاربردی‌تر کردن آن پرداختند و هنرهای رزمی خود را از پدر به پسر منتقل کردند.
اساتید باستانی همه زیرک، اسرارآمیز و ژرف اندیش بودند.
عمق دانش آن‌ها غیرقابل اندازه‌گیری است. آنچه ما می‌توانیم انجام دهیم همانا تعریف ظاهر آن‌هاست. آنان افرادی هستند:
زرنگ چون اشخاص آگاه از خطر،
تسلیم‌پذیر چون یخ در مقابل آفتاب،
مؤدب چون مهمان.
منبع: دانشنامه نین جوتسو (نینجا)، تالیف استاد اکبر فرجی. با اندکی دخل و تصرف